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病毒变异
又悟了
2020-12-22 09:57:37

大家可以看下兴证医药团队对英国新冠病毒变异的点评
全球疫情跟踪:英国新冠病毒变异,传染性增加【兴证医药】
?病毒变异可能导致疫情出现反弹,目前多国加紧控制,阻止传播。
目前全球来看,疫情形势依旧严峻。截至12月21日,全球新冠肺炎确诊病例达7726.4万例,死亡病例170万例。包括美国、巴西、印度、俄罗斯等国在内的至少30个国家单日新增确诊病例数均超过千例,其中美国新增19万例,而英国新增确诊3.6万例,印度新增2.4万例,巴西新增2.5万例。
由于在英国发现了某种可能传染性更强的新冠病毒变种后,英国的疫情情况引起了全球的关注,该病毒在9月20日自肯特郡出现后,截至11月初造成伦敦28%的感染增长到截至12月9日那周在伦敦感染患者中占比高达62%,目前在丹麦,荷兰,比利时和澳大利亚也发现了该突变毒株导致的感染。英国疫情态势也自12月8日起一改之前一整个月逐步向好态势(单日确诊从3.3万下滑至1.1万),目前英国单日确诊数量已经达到自疫情开始以来新高(单日确诊3.6万例)。
为了应对这一情况英国自当地20日起将伦敦、英格兰东南部和东部将从目前的三级防控级别升至四级,为期两周的“大范围禁足”。与此同时全球多个国家地区处于谨慎考虑,已开始对英国实施旅行禁令,爱尔兰、德国、法国、意大利、荷兰、和中国香港等多国家地区陆续宣布紧急停止来往英国的航班,以期尽可能阻止该新变种病毒的传播。
?病毒突变本质是自然淘汰的结果,传染性更强的病毒株存活获得了更快的传播,突变发生并不是个例,不排除未来有新的变异。
病毒在传播以及在宿主体内不断复制的过程中一直出现突变,由于这样的机制,自2019年底病毒出现以来,SARS-CoV-2基因组中已经出现了数千种突变和不同谱系。随着突变的不断出现,越来越多地发现新的变体,绝大多数突变对病毒没有明显影响。然而,最近在英国出现的新冠病毒突变引起了科学家的关注,这些突变涉及编码SARS-CoV-2刺突蛋白的基因(病毒用于结合人ACE2受体的刺突蛋白中的N501Y突变),从理论上讲,刺突蛋白这一部分的变化可能导致病毒变得更具传染性,并且更容易在人与人之间传播,同时也会影响免疫力以及疫苗的效力。整体来看,所有病毒都会变异,而本次变异也并不是引起关注的第一个变种,之前包括在新冠大流行初期出现的D614G突变已经部分增加了病毒的传播能力,未来也不排除会有新的变异出现。
?结构上看:突变改变了感染效率,增强了传染性,此前疫苗是否有效性依旧,尚需要免疫效果验证。
从疫情开始就一直追踪病毒进化的英国爱丁堡大学教授AndrewRambaut等在
virological.org上传了对这一新突变株序列的分析,指出此次突变的新毒株有23个特殊突变,被命名为B.1.1.7亚型。SARS-CoV-2性质最特殊的两点为:1.RBD上6个关键的交界面氨基酸与ACE2结合;2.它具有Furin蛋白酶切割位点。这一新毒株在RBD的6个关键交界面氨基酸中,发生一个突变N501Y;而Furin切割位点毗邻位置发生了P681H突变。Furin蛋白酶切割位点对SARS-CoV-2的结合宿主细胞能力影响巨大,Furin切割后的S蛋白稳定性降低,因而暴露出开放结构域,从而使S蛋白与人ACE2受体结合亲和力提高约1,000倍。因此,在Furin蛋白酶切割位点附近的突变可能会帮助提高病毒的结合能力和传染力。同时,这一毒株发生了S抗原氨基酸删除突变69-70del,这一突变可能有利于病毒逃逸宿主的免疫反应。
通常说来,病毒突变将朝着“传染性更强,毒性更弱”的方向发展,长期突变累积才会导致病毒性质大幅改变。
FredHutch研究所的TrevorBedford认为这一现象可能是与流感病毒类似的抗原漂移现象(。抗原漂移是病毒学中一个经典现象,它指病毒在自然流行中,其基因组发生个别突变导致病毒抗原的小幅度变异;这种小幅变异不同于病毒重组,不会对病毒流行产生大范围影响。但如果抗原漂移不断积累,且积累的速率不断增强,那么也许在今后的很长一段时间,人们要像接种季节性流感疫苗一样,每隔一段时间需要重新接种COVID-19疫苗来预防突变株。
?病毒突变后,目前没有证据证明现有疫苗对病毒无效,但是现有疫苗对新冠病毒的有效性需要再验证
新的变种具有三种主要疫苗靶向的刺突蛋白突变。但是,疫苗会产生针对刺突蛋白中许多区域的抗体,因此一次突变不太可能降低疫苗的效力。但未来随着时间的流逝,随着更多突变的发生,疫苗可能需要进行一定改变。季节性流感每年会因为新的突变进行相应的调整。SARS-CoV-2病毒由于存在proof-reading机制,预计其突变速度不如流感病毒,到目前为止,已经在试验中证明有效的疫苗目前看来是可以根据需要比较容易得进行相应调整。英国Covid-19基因组学联盟(Cog-UK)表示对于这种变体,没有证据表明它将逃避疫苗接种或人类免疫反应。但是,如果出现疫苗失败或重新感染的情况,则应将针对这类接种人群重点进行基因测序以进行判断。目前来看疫苗逻辑依旧成立,但不排除未来由于突变产生的免疫逃逸等情况导致新冠疫苗的逻辑产生一定变化。
CNBC采访了四个专家:华盛顿大学的VinGupta,美国SurgeonGeneralVivekMurthy,帝国理工的免疫学家DannyAltmann,Cardiff大学的AndrewFreedman,他们都认为疫苗对这个新毒株依然有效,包括BNT162b2和mRNA-1273都应用S抗原全长诱导多克隆中和抗体反应,因此预计此次的单一表位突变不会大幅影响疫苗效力。
?疫情持续蔓延之下,疫情防护仍然非常重要。
近期国内疫情在多个地区包括上海、成都和北京等地出现“小反复“;全球来看,疫情形势也依旧严峻,至少30国单日新增确诊超千人。在这样背景下各类人群应继续保持警惕,坚持自我保护,佩戴口罩保持人与人的相对安全距离。
?国际化进程预计放缓,中国存在比较优势。
病毒变异后因为存在不确定性,我们预计恢复国际化的进程预计会有所放缓,但相对而言中国疫情控制更好,短期看预计会延续今年所展现的比较优势,国际部分制造业等产能将有可能转移至中国,医药将依旧是未来一段时间的“聚光灯“下的产业。
风险提示:
由于感染人数规模较大,新冠病毒突变速度超预期;国际疫情防控效力有限,新型毒株扩散加速;突变毒株对于疫苗效果影响暂时无法确定
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康希诺
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